為提升校務基金之治理效能，並依教育部「國立大學校院校務基金設置條例」第七條規定，本校於105年設置隸屬校長之專任稽核人員。而為能強化校務基金稽核深度與廣度，本校於109年6月經行政會議審議通過後成立稽核室。

依本校「國立臺灣科技大學校務基金內部稽核實施辦法」規定，稽核室(人員)應依風險評估結果及校務基金執行情形，擬訂年度稽核計畫，據以進行稽核並作成年度稽核報告，向校務會議報告。年度稽核計畫應經校長同意後實施。