稽核室之職掌在於調查、評估校務基金內部控制之缺失及衡量營運之效率，適時提供改進建議，以確保校務基金內部控制得以持續有效實施，同時協助校內各單位確實履行業務職責。稽核室組織隸屬校長，採行獨立專職內部稽核，進行定期與不定期之業務稽核、財務稽核等工作，確實評估業務執行之之健全性、合理性及有效性。
稽核業務內容包括：
一、 人事、財務、營運及關係人交易事項，涉及校務基金交易循環之事後查核。
二、 現金出納及壞帳處理之事後查核。
三、 現金、銀行存款、有價證券、股票、債券與固定資產等之稽核及盤點。
四、 校務基金各項業務績效目標達成度之定期評估、稽催及彙整報告。
五、 校務基金運用效率與各項支出效益之查核及評估。
六、 其他專案稽核事項。
前項第一款所定交易循環，包括收入循環、採購與支付循環、薪資循環、財產管理循環、投資循環、融資循環及研發循環等。